《蜀山降魔传2》讲述了叛离峨眉的云居雁夜袭峨眉大开杀戒，并抢夺了上古灵珠。昆仑得知峨眉惨况后，昆仑长老断言云居雁想集齐四颗灵石一统三界。掌门萧何只有找到昆仑师叔祖逍遥子，并先于云居雁得到魔龙窟守护的灵珠才能阻止其脚步。而逍遥子在面对萧何等人的请求时，对众人百般刁难，最终答应在收取不菲报酬后，踏上前往魔龙窟的凶途。...

烽烟四起，烟沙弥漫，仙魔两族相对而立，杀意冲天。两族对战，死伤无数，圣母梵天以己身为祭，封印魔族，终止了一切。仙族虽胜却几近覆灭，昆仑掌门玉清子也为救小弟子而死，惨胜之后，三界恢复平静，两门以休养生息。而那个被救的小弟子萧何，却在五百年后，众人意料之内地不学无术又在众人意料之外地有了成长。五百年，修仙无岁月，三界平静多年，只偶尔有小妖出没，萧何带着几个徒弟过着有事收收妖，没事和峨眉女弟子原幼清谈谈...